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  TCS elog, Page 1 of 6  Not logged in ELOG logo
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Entry  Mon Dec 28 14:48:29 2009, Aidan, Computing, DAQ, VME crate has a "new" CPU - needs to be configured  VME_boot_02.jpgVME_boot_01.JPGVME_boot_03.jpg
I installed a recycled VME crate in the electronics rack. It currently has a Baja 4700E CPU card in it - and this needs to be configured. We also have
the following cards, which are not plugged in right now.
1. ICS-110A-32 Analogue-to-Digital Converter - the jumpers need to be set on this to give it a unique memory address in the VME bus.
Entry  Tue Dec 29 16:05:09 2009, Frank, Computing, DAQ, booting VME crates from fb1 
Entry  Tue Dec 29 17:50:57 2009, Aidan, Computing, DAQ, VME crate has proper boot settings VME_tcs_boot_settings.jpg
We fixed the start-up settings on the VME crate to look for a TCS startup file on fb0. The settings on the Baja 4700 are now:
Entry  Fri Jan 29 10:02:15 2010, Aidan, Computing, DAQ, New DAQ ordered 
 On the advice of Ben Abbott, I've ordered the Diamond Systems Athena II computer w/DAQ, as well as an I/O board, solid state disk and housing for
it. The delivery time is 4-6 weeks.
Diamond Systems Athena II
Entry  Mon Apr 12 08:55:37 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, EDT frame grabber is here 
 The EDT PCIe4 DV C-Link frame grabber arrived this morning. There is a CD of drivers and software with it that I'll back up to the wiki or 40m
svn sometime soon.
Entry  Thu Apr 15 01:47:47 2010, Won Kim, Computing, Hartmann sensor, Notes on installing EDT PCIe4 DV frame grabber 
* EDT PCIe4 DV frame grabber: installation notes for linux system 

Entry  Tue Apr 20 18:05:24 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Images off the Dalsa Camera in CentOS Screenshot-PCI_DV_Display.pngScreenshot-PCI_DV_Display-1.png-opt-EDTpdv.png
 I installed CentOS on the machine with the EDT frame-grabber. I then installed the frame-grabber software from the CD.
In the /opt/EDTpdv/ directory the camconfig program was run and I entered "331" to start
the frame-grabber and run with the Dalsa 1M60 settings ... this was necessary to get the frame grabber running, but didn't seem to force 
Entry  Wed Apr 21 06:49:51 2010, Aidan, Computing, Frame Grabber, Installing CentOS 5.3 and the EDT frame-grabber - Part 1 
Yesterday, I installed CentOS 5.3 on the Gateway GT5482 machine that housed the EDT frame-grabber.

    I installed CentOS 5.3 with all the default options
    As recommended by the README.lnx_pkg_reqs,
I tried and failed to install the "Development Tools", "Development Libraries" and the "X Software Development" using the
Entry  Thu Apr 22 01:48:33 2010, Won Kim, Computing, Frame Grabber, from the manual install.pdf 
Regarding the installation of EDT software, I overlooked a note from the install.pdf  file.
Entry  Thu Apr 22 08:20:51 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Installed MATLAB and Windows XP Virtualization on Hartmann machine 
I installed a Windows XP virtualization on the Hartmann machine. It can be accessed from the desktop, or by running virt-manager at the command line. Once the virtualization manager starts the virtualization of Windows needs to be started. It runs quite
    Reply  Thu Apr 22 08:22:18 2010, Aidan, Computing, Frame Grabber, from the manual install.pdf 

Entry  Mon May 3 17:42:20 2010, Aidan, Computing, EPICS, EPICS install by Alex history.txthistory_root.txt
Alex Ivanov came in on Friday and demonstrated his EPICS kung-fu. His EPICS knig-fu is strong.
We fixed the IP address of the Hartmann machine, renamed it hartmann, and mounted the cvs drives
from the frame builder. - including the EPICS base from that machine. In principle, with a new softIoc, this should have been enough to run EPICS on the
Entry  Mon May 3 17:43:48 2010, Aidan, Computing, Frame Grabber, Successful image capture with EDT frame grabber 20100503_dalsa1m60_configuration_notes.txt2010-05-03_dalsa1m60_image_test_pattern_and_spots.tif2010-05-03_dalsa1m60_image_test_pattern_right_side.tifdalsa_1m60.cfg
I noticed that when i ran /opt/EDTpdv/camconfig and selected camera 331, which appeared to be closest
to the Dalsa Pantera 1M60 camera, the software loaded the configuration file pantera11m4fr.cfg.
I tried to locate which entry in the camconfig list corresponded to the 
Entry  Tue May 4 09:18:15 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Added aliases and icons for EPICS commands and dataviewer etc. to hartmann 
I updated the .bashrc file in controls@hartmann to include aliases for the ezca EPICS commands and a few others. Details shown below:
Also added launchers to the top panel for MATLAB, sitemap, dataviewer and StripTool. The icons for the launchers are located in:
Entry  Tue May 4 10:30:07 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, EPICS and MEDM screen for Hartmann sensor Screenshot-C4HWS_medm_21.adl_(edited).pngScreenshot-StripTool_Graph_Window.pngHWS.dbHWS.cmdread_dalsa_temperature_write_to_epics.m
I added the Dalsa 1M60 temperature measurements to EPICS. The break down is as follows:

            Digitizer Board Temperature
            Sensor Board Temperature
Entry  Tue May 4 13:35:13 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Hartmann temperature channels in frame builder 
 I've added the digitizer and sensor board temperature readings from the HWS to the frames. This was done in the following way
1. Create a new file /cvs/cds/caltech/chans/daq/C4TCS.ini - with the channels in it - see below
2.  open /cvs/cds/caltech/target/fb1/master
Entry  Wed May 5 09:04:01 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Added /home/controls/scripts/modules directory to PYTHONPATH on hartmann 
 I added the following line to ~/.bashrc
export PYTHONPATH=/home/controls/scripts/modules:/usr/local/lib/python
Entry  Wed May 5 18:45:51 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Python code to interface the Dalsa1M60 and export the temperature to EPICS dalsa_to_epics.pyVerifyTemperature.pydalsa_1m60.cfg
Python script
I wrote a Python script, ~/scripts/dalsa_to_epics.py that reads the temperature off the camera using
serial_cmd vt and then it writes this to the EPICS channels using ezcawrite.
Entry  Thu May 6 10:34:38 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, EPICS and MEDM screen for Hartmann sensor - part 2 dalsa_to_epics.pyGetCameraParameters.pyHWS.dbC4TCS.ini
I added the camera parameters to EPICS and the MEDM screen. These are available as channels now in EPICS and eventually there will be a python script
that writes the EPICS value to those channels, but right now it is just a python script that reads the values off the Dalsa camera.
I updated the channels in /cvs/cds/caltech/chans/daq/C4TCS.ini so that these are saved to the
Entry  Thu May 6 12:32:11 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, dalsa_to_epics Python script crashed ... 
Here's the error:
 Traceback (most recent call last):
Entry  Thu May 6 21:32:26 2010, Won Kim, Computing, Hartmann sensor, Peak detection and centroiding code detect_peaks_uml.m
Attached is .m file of the custom function that I wrote and used to automatically detect peaks in a
    Reply  Tue May 11 10:32:00 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Peak detection and centroiding code - review test_centroid_code.m
This looks really efficient! However, I think there's a systematic error in the calculation. I tested it on some simulated data and it had trouble getting
the centroids exactly right. I need to better understand the functions that are called to get an idea of what might be the problem.
Entry  Thu May 13 16:54:46 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Running MATLAB programs in C on CentOS - only use R2008b for less hassle 
 After much effort trying to get a MATLAB routine to compile in C I discovered the following pieces of information.
1. CentOS will not install a gcc compiler more recent than 4.1.2 with yum install. This is circa 2007. If you want a more recent compiler it must be installed manually.
Entry  Mon May 17 19:41:13 2010, Aidan, Computing, Frame Grabber, C code that calls MATLAB engine and centroiding algorithms simple_hartmann.ccentroid_image.mget_defocus.mbuild_simple_hartmann.sh
This is an amended version of simple_take.c.
The files below are all in the directory /opt/EDTpdv/hartmann/src
Entry  Tue May 18 09:33:44 2010, Aidan, Computing, EPICS, Added defocus and other Hartmann sensor channels to EPICS and DAQ 
 I've added the following channels to the HWS softIoc in /cvs/cds/caltech/target/softIoc/HWS.db
Entry  Thu May 20 08:20:54 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Centroiding algorithm and code to generate simulated data test_spot_generation_and_centroiding.mgenerate_simulated_spots.mcentroid_image.m
 Here's a copy of an email I distributed today that describes the centroid and simulation code I wrote.
Hi Won,
Entry  Wed Jun 30 00:00:13 2010, Kathryn and Won, Computing, Hartmann sensor, rms of centroid position changes rms_plot_shuffle.jpgrms_plot_shuffle.jpgrms_plot_noshuffle.jpgeLOG.zip
Given below is a brief overview of calculating rms of spot position changes to test the accuracy/precision of
the centroiding code. Centroids are obtained by summing over the array of size 30 by 30 around peak pixels, as opposed to the old method of using matlab
built-in functions only. Still peak pixel positions were obtained by using builtin matlab function. Plese see the code detect_peaks_bygrid.m for bit more
Entry  Sun Jul 4 06:45:50 2010, Kathryn and Won, Computing, Hartmann sensor, analyzing the wavefront aberration eLOG.zipwf_aberration_plot_hightemp_byintegration.jpgwf_aberration_plot_hightemp_fitted.jpg
Happy Fourth of July!
The following is a brief overview of how we are analyzing the wavefront aberration and includes the aberration
parameters calculated for 9 different temperature differences. So far we are still seeing the cylindrical power even after removing the tape/glue on the
Entry  Tue Jul 20 15:45:51 2010, Aidan, Computing, General, Add fixed IP addresses to local machines in TCS lab 
Entry  Tue Jul 20 18:13:06 2010, Aidan, Computing, General, Added TCS channels to frame builder 
 contents of tcs_daq: /target/TCS_westbridge.db
Entry  Thu Jul 22 11:02:59 2010, Aidan, Computing, General, Restarted hartmann machine 
hartmann had started responding to requests to log-in with the a request to change the password. Attempts to change the password proved
unsuccessful. I tried to access the machine locally to change the password but I couldn't the display started, so I had to reboot it.
Entry  Fri Jul 23 10:33:08 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Dalsa camera ADC 8th digitizer error  histogram_of_dalsa_intensity.pdf
I plotted a histogram of the total intensity of the Hartmann sensor when illuminated and found that the 128 count problem extends all the way up through
the distribution. This isn't unreasonable since that digitizer is going to be called on mutliple times.
First things first, the value of 128 equals a 1 in the 8th digitizer, so for a 16-bit number in binary, it looks like this: 0000 0000 1000
Entry  Fri Jul 23 12:33:51 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Invar clamp scatter 
I illuminated the Hartmann sensor with the output of a fiber placed ~1m away.
I noticed that the illumination was not uniform, rather there was some sort of 'burst' or 'star' right near the center of the image. This turned
out to be due to the Hartmann plate clamps - it disappeared when I removed those. It appears that there is scatter off the inner surface of the holes through
Entry  Fri Jul 23 12:38:58 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Images for Dalsa dark_0000.jpgbright_0000.jpg
Attached are the background and 80% illumination (~uniform spatially uniform) images that Dalsa requested. 
Note that the gain of the taps does not appear to be balanced.
    Reply  Fri Jul 23 19:52:49 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Dalsa camera ADC 8th digitizer error  image-location-of-excess_pixel_count_pixels.jpg
I've attached an image that shows the locations of those pixels that record a number of counts = (2*n-1)*128. 
The image is the sum of 200 binary images where pixels are given values of 1 if their number of counts = (2*n-1)*128 and 0 otherwise.
The excess of counts is clearly coming from the left hand tap. This is good news because the two taps have independent ADCs and it suggests that
Entry  Sun Jul 25 16:24:56 2010, Aidan, Computing, SLED, Superlum SLED test integrated with DAQ - new channel names 
 I added some new channels to the Athena DAQ that record the diagnostic channels from the Superlum SLED.

    C4:TCS-ATHENA_I_SET_VOLTS:  - the set current signal in Volts (1V = 1A)
signal proportional to the actual current flowing to the SLED (1V = 1A)
    C4:TCS-ATHENA_I_LIM_VOLTS: - the current limit signal in volts (1V
Entry  Mon Jul 26 09:42:30 2010, Aidan, Computing, SLED, Long term test on SLED started - Day 0 SLED_superlum_long_term_test_0001A.pdfSLED_superlum_long_term_test_0001B.pdf
 I set up the SLED to test its long term performance. The test began, after a couple of false starts, around 9:15AM this morning.
The output of the fiber-optic patch cord attached to the SLED is illuminating a photo-detector. The zero-level on the PD was 72.7mV (with the lights
on). Once the PD was turned on the output was ~5.50 +/- 0.01V. This is with roughly 900uW exiting the SLED.
Entry  Fri Jul 30 10:04:54 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Restarted the HWS EPICS channels 
 Restarted the HWS EPICS channels on hartmann with the following command:

/cvs/opt/epics-3.14.10-RC2-i386/base/bin/linux-x86/softIoc -S HWS.cmd &

Entry  Fri Jul 30 11:01:31 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, EPICS softIoc alias 
 I added an alias HWSIoc to controls which can be used to start the HWS EPICS softIoc.
alias HWSIoc='/cvs/cds/caltech/target/softIoc/startHWSIOC.sh'
and the bash script is:
Entry  Fri Jul 30 13:38:39 2010, James Kunert, Computing, Hartmann sensor, Summary of Thermal Defocus Data Analysis ThermDefocMasterFunctions.pngThermDefoc--py4plot.png
Below is a table summarizing the results of recent thermal defocus experiments. The values are the calculated change in measured defocus per unit temperature
change of the sensor:

Entry  Fri Jul 30 19:22:24 2010, Aidan, Computing, EPICS, Waveform Channel Access for storing centroids 
 A waveform channel was added to the HWS softIoc on hartmann. This allows arrays of data to be stored in a single channel. It's not clear whether
it is storing this data as a set of number or strings. However, the values can be changed by the following command:
caput -a -n C4:TCS-HWS_CENTROIDSX 5 1,2,3,4,5
    Reply  Fri Jul 30 21:19:05 2010, Aidan, Computing, EPICS, Waveform Channel Access for storing centroids 
After some discussion with Frank we figured out how to edit the record type in HWS.db so that the waveform/array channel actually behaved like a numerical
array and not like a single string. This just involved defining the data type and the element count in the record definition, like so:
record(waveform, "C4:TCS-HWS_CENTROIDSX")
Entry  Sat Jul 31 11:54:20 2010, Aidan, Computing, SLED, SLED Test Day 5 - Re-tuned current set-point control voltage 
Main Points

    Re-set SLED current set-point control voltage to 0.111V
    SLED current set-point voltage drops by about 5mV when the SLED
is dis-engaged
    Resetting was around 11:45AM PDT 31st-Jul-2010

I turned off the SLED for 10s and reset the current set-point
Entry  Wed Aug 4 09:57:38 2010, Aidan, James, Computing, Hartmann sensor, RMS measurements with Hartmann sensor rms_analyze_centroids_aidan.pdfRMS_WonCode.pngRMS_WonCodeLessPrism.png
We set up the Hartmann sensor and illuminated it with the output from the fiber-coupled SLED placed about 1m away. The whole arrangement was covered
with a box to block out ambient light. The exposure time on the Hartmann sensor was adjusted so that the maximum number of counts in a pixel was about
Entry  Wed Aug 18 18:38:11 2010, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Hartmann sensor code test_HS_Classes.mHS_Image.mHS_Centroids.mHWS_code_output.pngHWS_input_image.png
 I downloaded and tested revision 47 of the Adelaide Hartmann sensor code from the SVN (https://trac.ligo.caltech.edu/Hartmann_Sensor/browser/users/won/HS_OO?rev=47).
After giving it the correct input filenames it centroided the Hartmann sensor images pretty seamlessly. The output and code is attached below.
The code takes two Hartmann images. Locates the centroids in both instances and then determines the displacements of all the centroids between
Entry  Thu Nov 4 13:31:19 2010, Won Kim, Computing, Hartmann sensor, Frame Grabber SDK installation 
 Appended below is the step by step procedure that I used to
install and
use the frame grabber SDK. Note that the installation
Entry  Tue Nov 23 06:15:08 2010, Won, Computing, Hartmann sensor, Image folder structure image_folders.png
Attached below is a diagram that describes the organisation of image folders that I am using at the moment with Run_initialize and Run_acquire scripts.
Once the uppermost folder 'image' is set up, other folders in it will be created by the matlab codes if not present. Still it may be of less hassle
to create the folders beforehand.
Entry  Tue Nov 30 11:01:19 2010, Aidan, Computing, General, New workstation added in TCS Lab. New Static IP 
I added a workstation at in the TCS lab.
Entry  Tue Nov 30 11:03:19 2010, Aidan, Computing, Frame Grabber, EDT frame grabber works under Ubuntu 
The new machine in the TCS lab is running Ubuntu. I installed the frame-grabber into it and, after loading the configuration file for the camera, was
able to access the serial port on the camera and also was able to record a properly formatted image from the Hartmann sensor.
    Reply  Mon Feb 28 17:33:07 2011, Aidan, Computing, Hartmann sensor, Hartmann Seidel abberation channels in frame builder 
Using the same methods as before, see below, I've added some Hartmann sensor EPICS channels to the frames.
The channels record the Hartmann sensor Probe (and Secondary) Coefficients of the Seidel aberrations (PSC, SSC) that are specified (PRISM, ALPHA,
PHI, etc).
ELOG V3.1.3-